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法令依據
「民間參與馬祖南竿海水淡化廠興建及營運計畫」(以下簡稱「本計畫」)，係依據「促進民間參與公共建設法」(以下簡稱「促參法」)及相關法令規定辦理。相關作業程序，業依本計畫之特性及民間參與方式，以民間參與之角度，完成可行性評估及先期計畫書，審慎研擬本計畫政府承諾與協助辦理事項，及容許民間投資之範圍、項目、完成程度與時程，並經行政院於民國(下同)95年3月27日院台經字第0950010891號函暨行政院經建會95年3月7日總字第0950000956號函核定，福建省連江縣政府96年8月23日連工水字第09600024393號函委託水利署第十河川局依促參法第五條辦理招商。由民間機構投資興建馬祖南竿海水淡化廠及淡化水輸送管線，完成後移轉該建設之所有權予主辦機關；且由主辦機關委託民間機構代為營運。主辦機關並於營運期間將本計畫建設經費分期攤還予民間機構；俟營運期屆滿後，民間機構則將營運權返還予主辦機關。
計畫說明
馬祖地區受限於地形及水文等條件，蒸發量大於降雨量，影響水庫有效蓄水功能，每遇乾旱常常需要由台灣本島緊急運水，造成現況供水極不穩定。
除傳統水資源開發計畫外，世界各地的水資源開發多已朝向多元化發展，而海水淡化在許多地區已成為重要的供水水源。其具有不受乾旱影響、興建時程短、擴充容量彈性大、佔地面積少、生態衝擊小等優勢。國外也已經有許多成功案例，是目前值得積極推動的水源開發項目之一，非常適合做為新興水源。
經濟部水利署有鑑於馬祖離島地區因應發展觀光以及提高生活水準之需求，乃奉行政院指示已將馬祖南竿海水淡化廠興建列入「新十大建設」之「離島地區供水改善計畫」中，擬於馬祖南竿地區推動民間參與海水淡化廠興建及營運計畫，以達到政府照顧離島居民之政策目標。
本計畫將以民間參與公共建設的方式，於馬祖南竿地區興建乙座日產淡化水950立方公尺之海水淡化廠，參與模式係依「促參法」第八條第一項第三款規定以「興建-移轉-營運」(Built-Transfer-Operation，BTO)之方式進行。主辦機關將與最優申請人依本申請須知規定成立之民間機構簽定投資契約。民間機構將負責於20個月內興建完成本計畫建設並移轉所有權給主辦機關，然後應主辦機關之委託，負責操作營運20年。民間機構並可開發經營主辦機關核可之附屬事業。主辦機關則應負責分期攤還民間機構之建設經費，並依產出交付之淡化水量，分期攤還營運費用。
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